按照不同的分类方法，紫外线消毒杀菌系统被分为很多种，而根据水流边界的不同紫外线消毒系统可分为敞开式紫外线消毒器和封闭式紫外线消毒器两种。
一、敞开式紫外线消毒系统
浸没式又被称为水中照射法，将外加同心圆石英套管的紫外灯平行或垂直于水流方向置入水中，水从石英套管的周围流过，当灯管（组）需要更换时，使用提升设备将其抬高至工作面进行操作。该方式构造比较复杂，但紫外辐射能利用率高、灭菌效果好且易于维修。
敞开式紫外线消毒系统运行的关键在于维护恒定的水位，若水位太高则灯管顶部的部分进水得不到足够的辐射，可能造成水中的微生物指标过高，若水位太低则上排灯管暴露于大气之中，会引起灯管过热并在石英套管上生成污垢膜而抑制紫外线的辐射，一般采用自动水位控制器（滑动闸门）来控制水位，在自动化程度要求不高的系统中，也可以采用固定的溢流堰来控制水位。
水面式又称为水面照射法，即将紫外灯置于水面之上，由平行电子管产生的平行紫外光对水体进行消毒，该方式较浸没式简单，但能量浪费较大、灭菌效果差，实际生产中很少应用。
二、封闭式紫外线消毒系统
封闭式UV消毒器属承压型，用金属筒体和带石英套管的紫外线灯把被 消毒的水封闭起来，筒体常用不锈钢或铝合金制造，内壁多作抛光处理以提高对紫外线的反射能力和增强辐射强度，还可根据处理水量的大小调整紫外灯的数量，世纪源紫外线消毒杀菌器在筒体内壁加装了超声波装置以改变水流的运动状态而避免出现死水和管道堵塞，所产生的紊流使附着的微生物完全暴露于紫外线的辐射中，提高了消毒效率，且阻止污物在石英管壁上附着，超声波亦有防垢阻垢的功能，因此可永久保持石英管的透光率。
封闭式也划分为敞开式和浸没式，敞开式消毒器适用于中、大水量处理，多用于污水处理厂，封闭式消毒器一般适用于中、小水量处理或有必要施加压力且消毒器不能在明渠中使用的情况。
各种系统中外罩密封石英套管的紫外线灯管都可以与水流方向垂直或平行布置，平等系统水力损失小，水流形式均匀，而垂直系统则可以使水流紊地动，提高消毒效率。
世纪源超声波紫外线杀菌消毒器因其先进的工作原理和高效的杀菌效果已经得到广大用户的一致好评。